Công ty phân tích ứng dụng Apteligent đã thực hiện nghiên cứu về mức độ gặp sự cố trên hệ điều hành di động mới nhất của Apple và xác định, chỉ có 2,2% người dùng gặp tình trạng phần mềm mở lên thì tự động thoát (crash). Đây là kết quả tốt nhất so với các bản iOS trước đó.
Theo biểu đồ, iOS 9.2 và các phiên cũ hơn có tỷ lệ crash khoảng 2,5%, trong đó, iOS 8 và iOS 9.2 gặp lỗi cao nhất. Với hệ điều hành Android, phiên bản 6.0 có tỷ lệ ứng dụng tự động thoát là 2,6% và theo nghiên cứu này thì nó kém ổn định hơn so với iOS 9.3.
Mặc dù vậy, ngay khi phát hành thì iOS 9.3 đã nhận được nhiều phàn nàn từ phía khách hàng. Một số thiết bị khi nâng cấp lên hệ điều hành mới đã không thể kích hoạt được vào bên trong để sử dụng, hoặc gây ra lỗi đứng máy làm mất dữ liệu. Apple đã thừa nhận vấn đề này và đưa ra bản vá sau đó.
iOS 9.3 còn gây lỗi cho iPhone 6s và 6s Plus. Sau khi được nâng cấp lên phiên bản mới nhất, một số iPhone bị treo lúc mở các đường link xuất hiện trong trình duyệt Safari, Mail, Notes hay tin nhắn. Với trường hợp máy bị treo ở các ứng dụng, cách khắc phục tạm thời hiện giờ là tắt thiết bị đi rồi khởi động lại.
Hệ điều hành iOS 9.3 mang đến một số thay đổi quan trọng cho người dùng iPhone, iPad như thêm chế độ Night Shift giúp hạn chế ánh sáng xanh nhằm bảo vệ mắt khi dùng thiết bị ban đêm. Ứng dụng ghi chú cũng có thể được khóa bằng vân tay, tăng cường tính bảo mật. Ngoài ra, Apple cũng bổ sung thêm tính năng cho bộ ứng dụng theo dõi sức khỏe, 3D Touch...
